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연료전지 스택만으로 차량을 운전하기도 하지만, 경우에 따라서 배터리 또는 슈퍼캐퍼시터와 같은 보조 에너지 저장장치를 통해 차량의 성능을 높여준다. 현재는 보조전원(배터리)를 사용하는 시스템이 수소전기차에 보편화되어 있다.

대부분 주동력을 연료전지로 하는 경우도 있지만, 플러그인 수소전기차에서 배터리를 주동력원으로 사용하고 연료전지는 배터리를 충전하거나 보조해주는 역할로 사용할 경우 연료전지를 소형화할 수 있고 내구성이 향상되는 장점이 있다.